基于高通量芯片和生物信息學篩選系統性紅斑狼瘡核心基因及通路

朱晴; 蔡昕添; 洪靜; 李南方 新疆維吾爾自治區人民醫院高血壓中心/新疆自治區高血壓研究所; 烏魯木齊830001

關鍵詞:系統性紅斑狼瘡 生物信息學 差異表達基因 核心基因 

摘要:目的通過生物信息學方法探究系統性紅斑狼瘡患者的外周血細胞差異表達基因及相關信號通路,尋找潛在的SLE特異性分子標志物。方法利用GEO數據庫旗下的GEO2R分析工具分析基因芯片GSE65391并篩選差異基因(differentially expressed genes,DEGs),利用DAVID數據庫分析DEGs獲得其GO富集分析和KEGG信號通路分析的結果。利用STRING數據庫構建蛋白互作網絡,再將結果導入Cytoscape軟件中篩選核心基因并繪制蛋白互作網絡圖。結果篩選獲得了47個差異基因,其中表達上調的基因46個,表達下調的基因1個。GO富集分析表明DEGs主要參與了病毒防御反應過程、I型干擾素信號通路和病毒基因組復制的負調控等生物學過程。KEGG信號通路富集分析主要包括了甲型流感病毒感染、麻疹病毒感染和EB皰疹病毒感染等信號通路。篩選獲得了3個核心基因為IFI44L、IFIT3和RSAD2。結論通過生物信息學分析獲得SLE的DEGs、核心基因、生物學過程和信號通路等信息,為探究SLE的發病機制、發現診斷標志物和探索藥物治療靶點提供理論依據與新的方向。

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